Balai Kerantinaan Kesehatan Kelas II Pangkalpinang merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Kesehatan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kementerian Kesehatan. Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan No 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan.
Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Pangkalpinang terdiri dari Kepala Kantor, Sub Bagian Administrasi dan Umum, kelompok jabatan fungsional, wilayah kerja dan Instalasi. Struktur organisasi sebagai berikut :
