Sebelum dikenal sebagai “Balai Kekarantinaan Kesehatan” yang telah ditetapkan sesuai Peraturan Menteri Kesehatan No 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan, Balai Kekarantinaan Kesehatan lebih dikenal dengan nama “Kantor Kesehatan Pelabuhan”.
Sejarah perkembangan Kantor Kesehatan Pelabuhan ( KKP ) tidak terlepas dari sejarah perkembangan Karantina di dunia. Karantina berasal dari bahasa latin yaitu “Quadraginta” yang artinya 40. Angka 40 berasal dari peristiwa isolasi yang dilakukan terhadap penderita penyakit menular selama 40 hari agar tidak menyebar ke orang lain. Tahun 1348 lebih 60 juta penduduk dunia meninggal karena penyakit Pest (dulu dikenal peristiwa Black Death). Tahun 1377 di Roguasa dibuat suatu peraturan bahwa penumpang kapal dari daerah terjangkit pest harus diisolasi di suatu tempat di luar pelabuhan agar bebas dari penyakit tersebut. Ini adalah sejarah tindakan karantina yang pertama dilakukan. Tahun 1383 UU Karantina ditetapkan pertama kali di Marseille Prancis. Tahun 1911 di Indonesia penyakit pest muncul di Surabaya, tahun 1916 muncul pest di Semarang dan tahun 1923 pest muncul dengan masuk melalui pelabuhan Cirebon.
Pada waktu itu (zaman kolonial Belanda) regulasi yang berlaku adalah Quarantine Ordonantie (Staatsblad Nomor 277 tahun 1911), penanganan kesehatan di pelabuhan dilaksanakan oleh Haven Arts (Dokter Pelabuhan) di bawah Haven Master (Syahbandar). Pada waktu itu Haven Art hanya ada dua yaitu di Pulau Rubiah (Sabang) dan di Pulau Onrust di Teluk Jakarta. Tahun 1949 pemerintah RI membentuk 5 pelabuhan Karantina yaitu :
Inilah awal keberadaan Kesehatan Pelabuhan di Indonesia. Tahun 1959 Indonesia mengeluarkan PP No.53 tentang penyakit Karantina dan tahun 1962 dibuat UU Karantina No.1 tentang Karantina Laut dan No.2 tentang Karantina Udara. Tahun 1970 terbit SK Menteri Kesehatan No.1025/DD/Menkes/78 tentang pembentukan Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU). Tahun 1978 terbit SK Menkes No.147/Menkes/IV/78 DKPL/DKPU dilebur menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan, dengan Eselon IIIB, yakni 10 KKP Kelas A dan 34 KKP Kelas B. Tahun 1985 terbit SK Menkes No.630/Menkes/XII/85 menggantikan SK No. 147/Menkes/IV/78, Jumlah KKP Kelas B bertambah 2 yaitu Bengkulu dan Dilli sehingga jumlah seluruh KKP menjadi 46. Tahun 2004 terbit SK Menkes No.265/Menkes/SK/III/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, bahwa klasifikasi KKP berubah menjadi KKP Kelas I, II dan III.
Sampai akhirnya Terbit PERMENKES No 10 Tahun 2023 bahwa KKP berubah menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan atau BKK yang mencakup Balai Besar, BKK Kelas I dan II, serta Loka.